Enginyeria Molecular 2004/05

Apunts

Apunts d'aquesta lliçó (actualitzats a 5/5/2005)

Accès a Bases de Dades: una llista de bases dades amb les seves característiques.
DTP Data Search: Una gran base de dades que permet buscar molècules, i permet obtenir la col.leció sencera de coordenades o propietats.
ChemIDPlus: amb un editor de molècules que funciona sobre Web, i que permet salvar els fitxers en diversos formats 2D i 3D.
NIST: permet buscar donant-li un nom, fitxer, etc. Permet visualitzar els espectres electrònic, infraroig, etc. Permet també dibuixar molècules directament al navegador Web.
El catàleg de Sigma-Aldrich - Es pot fer una cerca de compostos, i salvar-los en un fitxer SDF que conté el format MDL. També s'hi pot entrar una cadena SMILES.

RasMol: programa gratuït, que no cal instal.lar, que permet visualiltzar molècules i biomolècules. Es pot fer servir mitjançant l'arrossegament del nom d'un fitxer.
ChemSketch: fitxer de 20 Mb d'instal.lació d'aquest software d'ACD-LABS, gratuït per a l'àmbit de l'educació. Fàcil d'instal.lar a un ordinador personal. Permet dibuixar en 2D, passar a 3D, optimitzar amb mecànica molecular, preparar informes químics amb esquemes de laboratori, etc.
JMOL: un excel.lent visor molecular en Java, sobre Web. Descripció de formats moleculars. Animació de vibracions, etc.
Fàcil transformació de 2D a 3D, de Molsoft. Proporciona la cadena SMILES, o s'hi pot entrar la cadena.
JMOL (visualitzador java directe)
Simulador d'arbres de decisió
Càlcul de "drug-likeness" i d'altres utilitats
JChemPaint, permet llegir i escriure en format SMILES. Applet JAVA, no cal instal.lació.
ArgusLab, un excel.lent programa de modelatge molecular: mecànica molecular, semiempírics, visor de superfícies de propietats, etc. Cal instal.lació.

Hierarchical Clustering Explorer, un programa que no requereix cap instal.lació complicada i que permet clusteritzar dades. Conté alguns exemples.
Bases de dades útils per fer anàlisis, aquest servidor FTP conté diversos conjunts de dades que poden fer-se servir com a exemples útils (tant biològics com socials) en l'anàlisi de dades.
Programari d'anàlisi de dades, unb on recull de programes que permeten tota mena d'anàlisi de dades.

ELECTRAS, simulador de xarxes neuronals, i a més és un servei electrònic d'anàlisi de dades.

Programa dTree (executable direcament)
Fitxer d'entrada PLAYBALL
Fitxer d'entrada 572olisit (Olis italians)
Fitxer amb els pH i activitats de 31 esteroids:
Fitxer d'entrada 31 esteroïdes per a la Corticosteroid Binding Globulin (CBG) Receptor. Les 31 molècules es poden veure dibuixades an aquí.